Il cortile a sud-ovest detto “antico giardino delle monache”, identificabile con l’attuale delle magnolie, corrispondeva allo spazio che ospitava le camere delle religiose addette all’Ospedale, la stanza dove veniva celebrata la messa, la sacrestia, il parlatorio e l’ambiente della biancheria destinata ai malati ricoverati. Nel prospetto sud chiudeva il cortile la cosiddetta “Infermaria delle Monache”, cioè quella femminile, un ampio padiglione rettangolare concepito fin dall’inizio come un corpo a sé stante, che, in costruzione nel 1485, ancora in corso d’opera nel 1488, viene verosimilmente ultimato intorno al 1489 quando si ha notizia dell’accettazione della prima malata. Nel 1932 a seguito della trasformazione del complesso di fabbrica in Caserma Menabrea, questo padiglione venne adibito a palestra coperta; è oggi conosciuto come Aula del Quattrocento, ampio spazio polifunzionale destinato ad ospitare lezioni, convegni, mostre e proiezioni cinematografiche.

La definizione “cortile delle magnolie” compare per la prima volta nella prolusione del rettore Plinio Fraccaro nel 1956, data del trasferimento in questa sede degli Istituti di Archeologia e di Storia dell’Arte.

Nel discorso inaugurale del 6 novembre 1956 il Rettore riferisce: “La sistemazione edilizia dell’Università è proseguita senza soste. Il ripristino dell’ex ospedale S. Matteo venuto a far parte del Palazzo centrale ha fatto notevoli progressi (…) Il cortile cinquecentesco coi suoi tassi secolari prenderà ora il nome di cortile o portico matematico. L’Istituto di Geografia si è trasferito in nuova sede sul cortile delle terrecotte, che chiameremo sforzesco, perché i capitelli dei suoi portici portano emblemi sforzeschi: ed è ormai imminente il trasferimento dell’Istituto di Storia dell’Arte nel braccio fra il cortile sforzesco e quello delle magnolie e dell’Istituto di Archeologia sul cortile delle magnolie e del suo museo nel grandioso locale a cupola al centro dell’ex ospedale. Nello stesso cortile sono pronti i locali per l’Organismo Rappresentativo degli studenti” (Annuario 1956-57). Il 6 novembre 1958 Fraccaro riferirà: “È continuato l’assestamento dell’ex Ospedale di San Matteo (…) i quattro cortili sono stati restaurati e dipinti” (Annuario 1958-59).