Nel 1820-1821 l’architetto Giuseppe Marchesi (1778-1867), docente di Architettura e di Disegno architettonico nell’Ateneo pavese dal 1804 al 1848, interviene sull’ultima porzione dell’ex monastero del Leano (lasciato nel 1783 dalle religiose benedettine trasferite in Santa Clara la Reale), la grande corte rustica oblunga – concessa all’Ateneo dall’imperatore Francesco I d’Austria a seguito di una sua visita nel 1816 – suddividendo l’ampio spazio rettangolare in due cortili distinti, il Cortile del Miliario e quello di Atilia Secundina mediante un portico terrazzato.

A est il Cortile del Miliario, (sul quale si affacciava la Biblioteca di Lettere), tutto porticato, tranne nell’angolo corrispondente all’Aula VII (di Matematica), si caratterizza per la presenza di colonne poggianti su un muretto, verosimilmente i resti del chiostro quattrocentesco del Leano.

Sulle pareti del cortile e sotto il portico divisorio sono inseriti reperti dell’ex monastero e piccole lapidi della collezione archeologica voluta da Pietro Vittorio Aldini (1773-1842), professore di Archeologia, Numismatica e Diplomatica dal 1819 al 1842 e rettore dell’Ateneo pavese dal 1836 al 1837. A lui si deve la raccolta di epigrafi di età classica, finalizzata alla didattica, ma anche il loro posizionamento nell’area del soppresso monastero del Leano, “in una delle logge terrene dell’I.R. Università, a comodo ed istruzione degli studiosi” come riporta in un suo testo, nel quale consiglia agli studiosi di continuare a incrementare la collezione, anche per salvaguardare i reperti dalla dispersione (Aldini 1831).

Per questa peculiarità il cortile viene denominato Archeologico, come attesta la mappa inserita nell’opuscolo pubblicato nel 1925 in occasione delle solenni celebrazioni dell’XI Centenario del Capitolare di Lotario.

Nel 1939 il Soprintendente all’Arte Medioevale e Moderna della Lombardia Gino Chierici autorizza il rettore Paolo Vinassa de Regny all’apertura di quattro arcate “nel muro che chiude a ovest il cortile archeologico” a condizione che i preziosi reperti antichi, siano collocati “sotto i portici dell’Istituto di Archeologia” come indicato dall’architetto Emilio Carlo Aschieri, aggiungendo che “alcuni duplicati in cotto verranno ceduti al locale Museo civico” (ASUPv, Pos. 5-1, Edifici universitari e monumenti Palazzo universitario).

Nella pronta risposta del 7 giugno con la quale Chierici autorizza l’apertura dei quattro archi precisa: “Circa i pezzi antichi da disporsi sotto i portici dell’Istituto di Archeologia, sarà bene accordarsi anche col Prof. Albizzati” (ASUPv, Pos. 5-1, Edifici universitari e monumenti Palazzo universitario). Carlo Albizzati (1888-1950) fu docente di Archeologia a Pavia dal 1921 al 1948.

A occidente (verso Strada Nuova) si apre il Cortile di Atilia Secundina, che risulta porticato solo sui due lati est e ovest, con colonne binate d’ordine dorico. Nell’angolo sud-ovest è collocato il monumento romano di Atilia Secundina (rinvenuto nell’antica Clastidium nel 1789) che dà il nome al cortile. Sotto il portico che divide i due cortili sono attualmente conservati alcuni frammenti con iscrizioni.