I gesuiti stabilitisi a Pavia nel 1601, officiavano presso la basilica di San Teodoro. Il 22 luglio del 1604 acquistarono, trasferendovisi, la cosiddetta “casa di Madonna Agnese”, grande caseggiato di proprietà della famiglia Negri in piazza del mercato della Legna (oggi piazza d’Italia), usufruendo per gli uffici religiosi della vicina chiesa di San Zeno. Nel XVIII secolo disponevano di un loro oratorio e, come riferisce il cronista don Giovanni Antonio Toscani, l’8 settembre 1740 il vescovo Francesco Pertusati pose la prima pietra della nuova chiesa del Gesù, progettata da Lorenzo Cassani (1687-post 1768), considerato tra i migliori artisti del Settecento pavese. La chiesa, inaugurata il 23 marzo 1760, venne consacrata a lavori non ancora ultimati e la facciata non fu mai completata.

Di grandi dimensioni, l’edificio chiesastico occupava gran parte dell’attuale piazza Guicciardi; la facciata a rustico, rivolta a sud, prospettava con una scalinata in aggetto, su un piccolo sagrato. Caratterizzata da una sola navata, con quattro cappelle laterali (due per parte) alternate a piccole tribune, ritmata da paraste con capitelli compositi; il presbiterio a pianta quadrata era coperto da una luminosa cupola a base circolare, tra quattro archi absidali, pennacchi con motivi fioriti e ovali, che richiamava quella della chiesa di Santa Maria di Canepanova. Sciolto l’Ordine dei Gesuiti nel 1773, la chiesa del Gesù passò in custodia al Rettore della vicina chiesa di Santa Maria Nuova (affacciata sul lato sud di piazza del mercato della Legna, corrispondente al n. 27 sulla veduta prospettica secentesca di Pavia di Ottavio Ballada) e venne utilizzata dall’Ateneo per celebrare funzioni religiose del corpo accademico e degli studenti, messe ad apertura e chiusura dell’anno universitario e solenni cerimonie di laurea, come nel caso di Maria Pellegrina Amoretti prima donna in Europa laureatasi in Giurisprudenza il 25 giugno 1777.

Si tratta di un uso privilegiato della chiesa da parte dell’Università che qui vi collocò il dipinto, oggi disperso, della propria patrona, “S. Caterina disputante co’ filosofi sulla maniera del Morazzone”, come risulta da un inventario del 31 ottobre 1816 (ASP, Fondo Università, Rettorato, cart. 164).

Dopo varie destinazioni e passaggi di proprietà, la chiesa nella seconda metà dell’Ottocento venne usata come magazzino militare e dal 1864 è fatta oggetto di una trattativa per la cessione all’Università che, nel 1867, per soddisfare ad un voto della Facoltà di Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali, avrebbe voluto destinare la chiesa a sede di un istituto chimico (ASUPv, Rettorato, Corrispondenza, b. 2153 f. 2).

Tra il 1880 e il 1885 la chiesa del Gesù, durante la costruzione della cupola del Duomo, venne provvisoriamente utilizzata come cattedrale. Nel 1895 fu sconsacrata e privata dei suoi arredi che furono distribuiti in vari edifici di culto cittadini. Quindi nel 1897 consegnata dal Demanio all’Università (ASUPv, Rettorato, Corrispondenza, b. 2153 f. 2). Il rettore Camillo Golgi commissionò all’architetto e ingegnere napoletano Piero Paolo Quaglia (1857-1898), direttore dell’Ufficio d’arte della Società per il Risanamento di Napoli, un progetto di massima per trasformare la chiesa in sede dell’Istituto Fisico, che prevedeva la creazione di una grande aula ad anfiteatro con quattro sale attigue, destinate a ospitare la strumentazione scientifica, di un piano superiore con i laboratori (ASUPv, Rettorato, Corrispondenza, b. 2153 f. 2) e di un nuovo accesso su Piazza d’Italia. Questa soluzione però, nonostante il parere favorevole del docente di Fisica Adolfo Bartoli (1851-1896), non venne attuata.

Nel 1904 il rettore Golgi incaricò il professore milanese Sebastiano Giuseppe Locati (1861-1939), ordinario di Disegno d’Ornato ed Architettura dell’Ateneo pavese dall’anno accademico 1898-1899, di progettare una nuova aula per il Disegno nel complesso del Gesù (di proprietà demaniale ma in uso all’Ateneo per le celebrazioni solenni).

Successivamente, nel febbraio 1919 venne ventilata la possibilità dell’acquisto della chiesa da parte di privati per essere trasformata in un luogo di ritrovo, come riporta “Il Ticino” l’8 febbraio 1819, ma già a marzo l’Ateneo manifesta la volontà di adattare la chiesa a biblioteca universitaria. Per questo intervento Sebastiano Giuseppe Locati coinvolse il figlio Attilio che firma quattro cianografie del progetto conservate nell’Archivio storico.

L’architetto Attilio Locati nella sua “Relazione” del 5 aprile 1919 riferisce:

“La chiesa del Gesù, vicinissima al palazzo universitario, era già stata chiesta anni addietro dal bibliotecario attuale sig. Dott. Salveraglio, che ne voleva fare un magazzino di libri che più non trovavano posto nel palazzo Universitario. Fu forse per ciò che il Consiglio Accademico fece sua la proposta presentata lo scorso febbraio da apposita commissione, di ridurre tutta quanta la chiesa e canonica del Gesù a nuova sede dell’intera Biblioteca, liberando così l’Università da un organismo in continuo crescente sviluppo che sempre tende – premendo sui confini – ad invadere i locali degli Istituti adiacenti: della Fisica e della Zoologia, della Mineralogia e della Scuola di Ornato e di Architettura. Coll’adattamento della Chiesa e colla ricostruzione della canonica del Gesù, si verrebbe a creare in località centralissima, ma abbastanza lontana dai rumori della viabilità, la nuova sede della Biblioteca Universitaria, in un’area superiore ai bisogni attuali e molto meglio disposta per il suo funzionamento. (…) La soppressa chiesa del Gesù bene si adatta colla sua grande navata a magazzeno dei libri, e coll’abside a saloni per lettura. La Canonica poi opportunamente ricostruita e coordinata alla chiesa, può servire benissimo come palazzina degli uffici. La spesa per i lavori ammonta a L. 371.846”

(ASUPv, Pos. 21-A Biblioteca Universitaria).

Nel 1921 il Genio Civile diede parere negativo a questo riuso, impedendo l’attuazione del progetto e il 4 luglio 1925 la chiesa venne demolita per far posto alla Casa dello Studente, la prima edificata in Italia.